Pembangunan proyek kereta cepat ini berpotensi kembali melambat lantaran terjadinya cost overrun alias pembengkakan biaya. Kementerian Koordinator Bidang Perekonomian menyebut, cost overrun yang dialami proyek KCJB ini diperkirakan mencapai USD 1,176 miliar atau setara Rp 16,8 triliun.
Pihak PT Kereta Api Indonesia (Persero) atau KAI mendapatkan penyertaan modal negara (PMN) 2021 senilai Rp6,9 triliun. Dana tersebut akan digunakan untuk melanjutkan pembangunan LRT Jabodebek dan Kereta Cepat Jakarta-Bandung.